卷首部分----“本草纲目凡例”。其内容包含本卷的目录以及附图1160幅。
卷一至卷四部分----“序例” 和“百病主治药”。
卷五至卷五十二部分----这是《本草纲目》的主要内容,它把所收录的1892药物细分为16部,部下又分类,总计60类,在大多数药物后面,都附有历代的经验药方11096个,其中有8160个是来自李时珍亲自收集。
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